Redigerer Jan Maria Michał Kowalski (avsnitt)

===Konflikt med nazistene===
Etter utbruddet av [[andre verdenskrig]] i september 1939 skrev Kowalski et brev til [[Adolf Hitler]] der han kritiserte den tyske annektering av den polske kystlinje, og  oppfordret den tyske kansler til å vurdere å bli mariavitt. Følgen av dette var at okkupasjonsmakten ble oppmerksom på denne lille religiøse grupperingen som kunne tenkes å gi opphav til problemer i [[Generalguvernementet]]. Han ble arrestert av nasjonalsosialistene den 25. januar 1940 og fengslet i [[Płock]]. Noen utsikter til løslatelse gikk tapt ved det at han gav uttrykk for sterke politiske oppfatninger under avhør. Tyskerne kom til at han var en farlig nasjonalist.<ref name="ekumenizm">{{cite web |url = http://www.ekumenizm.pl/specjalne/mariawityzm/arcybiskup-meczennik-jan-m-michal-kowalski/ |title = Arcybiskup Męczennik – Jan M. Michał Kowalski |author = Dariusz Bruncz |date = 28. mai 2017 |publisher = ekumenizm.pl |lang=pl|access-date = 20. mars 2018}}</ref> 

Fra 25. mars 1941 var plassert i [[konsentrasjonsleiren Dachau]]. Den 25. mai 1942 ble han deportert som en del av den såkalte «[[Aktion 14f13]]» og ført til  nazistenes [[NS-Tötungsanstalt Hartheim|Tötungsanstalt (drapsanstalt)]] i Hartheim slott nær [[Alkoven]] nær [[Linz]] i Øvre Østerrike, og der ble han gasset dagen etter.