Redigerer Trondheimsfjorden (avsnitt)

===Fisk===
Trondheimsfjordens store variasjon i dybder, bunnforhold og vann innebærer leveforhold for mange arter. Tidevannsforskjell på over 1,5 meter betyr at det flere steder er en lang fjæresone. Alle kommersielt viktige fiskearter i Norge finnes i fjorden og er den fjorden i Norge med størst naturlig fiskeproduksjon. Kommersielt viktige fiskearter er [[sild]], [[brisling]], [[torsk]], [[hyse]], [[sei]], [[hvitting]], [[lyr]], [[rødspette]], laks og [[sjøørret]]. Det fiskes også [[kveite]], [[brosme]], [[lange]], [[skolest]] og [[vassild]], og disse antas å utgjøre lokale bestander. [[Pigghå]], [[makrell]], [[kolmule]] og [[lysing]] forekommer. I fjorden har det vært tatt en håkjerring på 775 kg på stang noe som da var verdensrekord for stangfiske. Oversikt over fiskearter i fjorden ble publisert av [[Vilhelm Storm]] i [[Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab|Videnskabselskapets]] skrifter 1883.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=110}} Pigghå er den vanligste [[hai]]arten i fjorden. Torsk, sild, brisling og laks er de økonomisk viktigste artene og yrkesfisket foregår særlig august til mars.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=130}}

Torsken i fjorden antas å utgjøre en lokal stamme (den lever hele livet der) og den gyter særlig i Verrasundet og Vettabotnen. Andre torskefisker som hyse, hvitting og lyr antas å være tilsvarende lokal stamme. Genetiske analyser viser at silda i Trondheimsfjorden (også kalt Betstadfjordsild) er en lokal bestand som er genetisk adskilt (blander seg ikke med) atlantisk sild. Silda i fjorden gyter ikke bestemte steder. Om sommeren trekker av og til atlantisk sild inn til midre deler av hovedfjorden. Den lokale silda i fjorden vokser senere og er ikke så fet som atlantisk sild. Det har årlig vært fisket 2500 til 25.000 tonn sild i fjorden, avhengig av bestand.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=124–125}} Det er tallrik bestand av torsk, hyse, sei, sild og hvitting, og disse har relativt stor betydning både kommersielt og for fritidsfiske.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=130}}

Rødspette finnes ned til 60 meter dyp særlig på østsiden av fjorden. Det var på 1800- og 1900-tallet til dels betydelig fiske av rødspette. Såkalt «gullflyndre» fra Borgenfjorden har vært kjent for god kvalitet og dette fisket ble ødelagt av Verdalsraset i 1893 da sjøen ble fylt av leirslam. Rødspetta er nokså stasjonær, men skiller seg ikke genetisk fra rødspette andre steder langs kysten av Norge. Rødspetta vokser fort og blir større enn andre steder i Europa.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=125–126}} Ved [[Trondheim biologiske stasjon]] ble det 1908–1965 klekket og sett ut rødspetteyngel i fjorden for å forsterke den naturlige bestanden. Det er ikke dokumentert effekt av denne utsettingen.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=128–129}} Rødspette har middels betydning kommersielt og for fritidsfiske.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=130}}

Rundt fjorden er det 18 [[laks]]eførende vassdrag hvorav noen av landets beste blant annet Orkla og Gaula. I 1987 ble det tatt rundt 500 tonn i fjorden, noe som er rundt 10 ganger så mye som laksefisket i elvene. Laksen er [[anadrom]] og vandrer til Norskehavet etter å ha blitt klekket i elvene. [[Sjøørret]] holder seg stort sett i fjorden ofte nær elveosen.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=127}} Laks og sjøørret har middels til relativt stor betydning for kommersielt fiske og fritidsfiske.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=130}}

Det er en viss forekomst av brosme, lange, lysing og kveite, og den kommersiell betydningen er stort sett liten. Kveite fiskes særlig i midtfjorden. Brisling og makrell er tildels tallrik og fisket har middels til stor betydning.{{Sfn|Vitenskapsmuseet|2000|s=130–131}}