Redigerer Mads Mikkelsen (avsnitt)

=== 2001–2005: ''De grønne slagtere'', ''Rejseholdet'' ===
I 2001 medvirket Mikkelsen i komedien ''[[Monas verden]]'', regissert av [[Jonas Elmer]]. Samme år var han også med i komedien ''[[En kort en lang]]'', skrevet og regissert av [[Hella Joof]]. Her spilte han den homoseksuelle Jacob, som på kvelden for offentliggjøringen av  forlovelsen med kjæresten Jørgen ([[Troels Lyby]]) forelsker seg i deres felles venninne Caroline ([[Charlotte Munck]]). Mikkelsen vant sin første [[Zulu Awards|Zulu Award]] i kategorien årets danske skuespiller for rollen i 2002.<ref name="imdb-mikkelsen"/>

I 2002 spilte Mikkelsen i det skandinaviske dramaet ''[[Jeg er Dina]]'', regissert av [[Ole Bornedal]], hvor han hadde rollen som Dinas stesønn, Niels.<ref name="dfi-jeg-er-dina"/>

Samme år var han også med i det romantiske dramaet ''[[Elsker dig for evigt]]'' i rollen som legen Niels, som innleder et forhold med kjæresten til en pasient, som Niels' kone på tragisk måte har kjørt ned. Filmen er regissert av [[Susanne Bier]], og har også [[Sonja Richter]], [[Nikolaj Lie Kaas]] og [[Paprika Steen]] på rollelisten.<ref name="dfi-elsker-dig-evigt"/> Rollen ga Mikkelsen hans første Bodil- og Robertpris-nomineringer, begge i kategorien beste mannlige hovedrolle.<ref name="imdb-mikkelsen"/> I 2002 var han også med i det dansk-skotske dramaet ''[[Wilbur begår selvmord]]'', som er skrevet av [[Lone Scherfig]] og [[Anders Thomas Jensen]], og regissert av Scherfig. Mikkelsen spiller rollen som den danske psykologen Horst.<ref name="dfi-wilbur-begar-selvmord"/>

Mikkelsen spilte i komedien ''[[De grønne slagtere]]'' i 2003. Her hadde han rollen som slakteren Svend, som sammen med kompanjongen Bjarne, (Nikolaj Lie Kaas), kjemper for å få slaktebutikken til å gå, inntil de en dag får tak i noe helt spesielt kjøtt, som snart blir ettertraktet av kundene i byen.<ref name="dfi-gronne-slagtere"/> Filmen er skrevet og regissert av Anders Thomas Jensen og mottok overveiende positive anmeldelser, men levde ifølge kritikere ikke opp til forventningene etter suksessen med filmen ''Blinkende lykter''.<ref name="cinemazone-gronne-slagtere"/> Mikkelsen ble nominert til [[Bodilprisen for beste mannlige hovedrolle]] for rollen i 2004.<ref name="imdb-mikkelsen"/>

I 2003 var han også med i den spansk-dansk komedien ''[[Torremolinos 73]]'', hvor han hadde en mindre rolle som dansken Magnus.<ref name="dfi-torremolinos-73"/> Samme år medvirket han også i [[Ole Bornedal]]s stykke ''Mænd uden noget'' på Aveny-T, sammen med [[Dejan Čukić]].<ref name="danskfilmogteater-maend-uden-noget"/>

Fra 2000 til 2004 spilte Mikkelsen i den danske TV-serien ''[[Rejseholdet]]'', hvor han fremstilte kriminalassistent Allan Fischer.<ref name="dfi-rejseholdet"/> TV-serien ble sendt i fire sesonger, hvor Mikkelsen medvirket i alle 32 episodene. I 2002 mottok serien en [[Emmy Award]] i kategorien beste internasjonale dramaserie og samme år vant Mikkelsen prisen for beste skuespiller under [[Copenhagen TV Festival]] for sin prestasjon.<ref name="imdb-rejseholdet"/> Mikkelsen har uttalt at han likte den tiden han var med på å lage serien: 
:''«.. Vi elskede at være sammen, og det var vildt for det er ikke så tit, at man har fast job i et helt år som skuespiller. Det var ret unikt dengang. Jeg ville elske at komme tilbage og lave noget med Lars Brygmann og Waage Sandø, om det så er Rejseholdet eller noget andet.»''<ref name="bt.dk-rejseholdet"/>

I 2004 gjenopptok Mikkelsen sin gjennombruddsrolle som Tonny i filmen ''[[Pusher II]]'', som er en fortsettelse av ''Pusher'' fra 2000. Nicolas Winding Refn var igjen regissør, og filmen har denne gang Tonny som hovedperson, som vender tilbake til sitt gamle liv etter en fengselsdom for å finne ut at han har en nyfødt sønn. Mikkelsen vant for første gang Bodilprisen for beste mannlige hovedrolle og [[Robertprisen for årets mannlige hovedrolle]] for sin prestasjon i 2005.<ref name="imdb-mikkelsen"/><ref name="robert-2005"/> I 2004 spilte han også i den amerikanske filmen ''[[King Arthur]]'' i rollen som Tristan, en av [[Kong Arthur]]s riddere av det runde bord, hvor han spilte sammen med blant annet [[Clive Owen]] og [[Keira Knightley]].<ref name="imdb-mikkelsen"/>

I 2005 medvirket Mikkelsen igjen i en film regissert av Anders Thomas Jensen; ''[[Adams æbler]]'', hvor han spiller presten Ivan med [[Ulrich Thomsen]], [[Nicolas Bro]], [[Paprika Steen]], [[Ali Kazim]] og [[Ole Thestrup]].<ref name="dfi-adams-aebler"/> Mikkelsen ble nominert til [[Robertprisen for årets mannlige birolle]] for rollen i 2006.<ref name="imdb-mikkelsen"/> Samme år var han også med i ungdomsserien ''[[Julie (TV-serie)|Julie]]'', hvor han spilte Julies far, Harald.