Redigerer Thrasybulos (avsnitt)

==I ledelsen==
I månedene som fulgte disse hendelsene, ledet Thrasybulos den athenske flåten i flere betydelige trefninger. I [[slaget ved Cynossema]] ledet han en av flankene til flåten og forhindret et athensk nederlag ved å utvide sin flanke for å forhindre omringelse. Slaget endte med athensk seier. Kort tid etterpå ledet Thrasybulos igjen en av flankene til den athenske flåten i [[slaget ved Abydos]] som ble nok en athensk seier.
[[Fil:Battle of Cyzicus.svg|thumb|right|Den athenske strategien ved Kyzikos. ''Venstre'': Alkibiades' lokkestyrke (blå) trekker den spartanske flåten (sort) ut til sjøs. ''Høyre'': Thrasybulos og Theramenes fører sine skvadroner inn bak spartanerne for å avskjære deres retrett mot Kyzikos, mens Alkibiades snur for å møte forfølgelsesstyrken.]]

Thrasybulos hadde igjen kommandoen over en skvadron i den athenske flåten i [[slaget ved Kyzikos]] som var en strålende athensk seier. I dette slaget trakk athenerne den spartanske flåten ut i forfølgelse ledet av Alkibiades. Da spartanerne hadde kommet et godt stykke fra land, dukket to skvadroner under Thrasybulos og [[Theramenes]] opp bak dem og avskar deres retrettmuligheter. Spartanerne ble tvunget til å flykte til nærmeste strand hvor Alkibiades gikk i land med sine menn i et forsøk på å ta de spartanske skipene. Men spartanerne begynte med hjelp fra en persisk hær å drive denne athenske styrken til sjøs. Da han så dette, gikk Thrasybulos i land med sin egen styrke for å lette trykket på Alkibiades, og han beordret samtidig Theramenes til å slutte seg til de athenske landstyrkene i nærheten og ta dem med for å forsterke sjømennene og marinesoldatene på stranden. Spartanerne og perserne ble overveldet av ankomsten til flere styrker fra flere retninger, ble beseiret og drevet bort. Athenerne erobret alle de spartanske skipene som ikke ble ødelagt.

Thrasybulos hadde fortsatt kommandoer i 409 og 408, men det er vanskelig å spore hans handlinger. Det ser ut til at han brukte mye tid i felttog i [[Thrakia]] og tok tilbake byer og gjenopprettet skattestrømmen fra regionen. Han var i 407 i ledelsen for en flåte som ble sendt for å beleire [[Fokaia]]. Men denne beleiringen måtte avsluttes etter at spartanerne under [[Lysander]] beseiret athenernes hovedflåte i [[slaget ved Notion]]. Dette nederlaget førte til Alkibiades' fall og hans eksil. Thrasybulos ble enten fjernet fra kommandoen på stedet av Alkibiades eller ikke gjenvalgt da hans periode gikk ut. Han var uansett uten embete fra da av og til krigen sluttet.

Thrasybulos deltok riktignok i [[slaget ved Arginusai]] i 406. Der var han [[trirark]] i den athenske unnsetningsstyrken som ble sendt for å støtte admiralen [[Konon]] som var blokkert ved [[Mytilene]]. Det slaget var en betydelig athensk seier. Etter slaget tok de ansvarlige generalene mesteparten av sine skip for å angripe peloponnesernes flåte som hadde lagt Konon under blokade. De etterlot en liten styrke under Thrasybulos og hans medtrirark Theramenes for å redde overlevende. Denne operasjonen ble forhindret av en plutselig storm som drev redningsstyrken på land, og et stort antall athenere drukte. Anslag på antall druknede har variert mellom 1000 og 5000<ref>Kagan (''The Peloponnesian War'', 459) sier at antallet «kanskje var tusen», mens Fine (''The Ancient Greeks'', 515) hevder at det var «mellom 4000 og 5000».</ref>