Redigerer Seleukia (avsnitt)

=== Sasanideriket ===
Over seksti år senere ble en ny by, ''Veh-Ardashir'', bygget på det samme stedet av den persiske keiseren [[Ardasjir I av Persia|Ardasjir I]]. Det var aktive [[Kristendom|kristne]] menigheter i Mesopotamia fra det første århundret og framover, og på 200- eller 300-tallet ble Seleukia en viktig by for [[Sasanide-dynastiet|Sasanideriket]].

Etter en lov om toleranse av den persiske sasanidekongen Yazdegard, som for en tid satte en stopper for forfølgelsene av de kristne som da hadde vart i 70 år, kunne de gjenværende kristne reorganisere og styrke sin kirke. [[Kirkemøtet i Seleukia-Ctesiphon]] (eller synoden til Mar Isaak) møttes i [[410]] under lederskapet til [[Mar Isaak|Isaak]], biskopen av de to byene Seleukia og Ctesiphon. Den viktigste beslutningen til synoden, som hadde en omfattende effekt på kirkens liv, var å erklære biskopen av Seleukia og Ctesiphon som overhode for østlige kirken og i anerkjennelse av denne opphøyelsen ble han gitt tittelen «Catholicos». Synoden bekreftet Mar Isaak som catholicos og erkebiskop av hele [[Orienten]]. Kirkemøtet erklærte også sin tilslutning til [[Konsilet i Nikea]] og sin troskap til [[den nikenske trosbekjennelse]]. Kirkemøtet etterlot ingen tvil om autoriteten til Mar Isaak, og uten hans godkjennelse kunne intet bispevalg være gyldig. 

Mot slutten av styret til Yazdegard I ble de kristne igjen forfulgt fra år [[420]]. Dadyeshu ble valgt som catholicos i [[421]] og han led selv under forfølgelsene og ble fengslet. Da han ble løslatt hadde han resignert og ville forlate Seleukia, men menigheten nektet å akseptere oppsigelsen. Den påfølgende synoden til Dadyeshu ble samlet i [[424]] i Markabata under araberne under ledelse av Mar Dadyeshu, og ble et av de viktigste av alle kirkemøtene i Syria. Det førte til at Isaak i 410 besluttet at catholicos av Seleukia og Ctesiphon skulle være den fremste biskopen av alle biskopene i øst. Synoden til Dadyeshu besluttet at catholicos skulle var øverste overhode i østkirken og ingen eklektisk autoritet skulle bli anerkjent over ham. For første gang refererte kirkemøtet til catholicos som patriark, og at deres catholicos var ansvarlig overfor Gud alene. Dette hadde til hensikt å forsikre Sasaniderikets hersker om at de persiske kristne ikke var influert av den romerske fienden.

Etter dette ble byen gradvis ubetydelig, den ble fraflyttet og til sist svelget av ørkensand, kanskje endelig forlatt etter at Tigris hadde tatt annet løp.