Redigerer Nagasaki (avsnitt)

=== Tokugawa-shogunatets tid ===
Da [[Tokugawa Ieyasu]] grep makten nesten tyve år etter, ble ikke forholdene vesentlig bedret. Tvert i mot.  

I [[1614]] ble kristendommen regelrett forbudt. Alle misjonærer ble landsforvist, likeså enhver ''daimyo'' som ikke ville avsverge kristentroen. En brutal kristenforfølgelse fulgte, med tusener av dødsofre over hele [[Kyushu]] og i andre deler av Japan.  

De kristne gjorde til å begynne med motstand: Folket i [[Shimabaraopprøret|Shimabara]]-enklaven i Nagasaki gjorde opprør i [[1637]]. Et flertall av opprørerne var kristne. De var til slutt 40&nbsp;000 mann og klarte å erobre [[Shimabaraborgen]] og ydmyket den stedlige ''daimyo''. Men shogunen sendte 120&nbsp;000 soldater for å slå ned oppstanden, og slik kom Japans korte «kristne århundre» til sin avslutning. Det var fremdeles mange kristne i befolkningen, men de gikk i dekning og holdt sin tro hemmelig. De ble av og til ofre for forfølgelser. 

På denne tiden hadde [[Nederland|nederlenderne]] bygget seg opp i Nagasaki og det lyktes dem å overbevise shogunen om at de bare var interessert i handel og ikke misjonsvirksomhet. I [[1644]] fikk nederlenderne en egen øy, [[Hirado]], utenfor Nagasaki. I [[1720]] ble forbudet mot nederlandske bøker opphevet, og det førte til at hundrevis av japanske lærde strømmet til Nagasaki for å studere ''rangaku'', «hollandsk lærdom». Frem til [[1855]] var dette Japans eneste kontakt med omverdenen.