Redigerer Eukaryoter (avsnitt)

== Inndeling ==
Det fins mange måter å dele inn de eukaryote organismene på. De fleste av disse forteller imidlertid veldig lite om gruppenes innbyrdes [[slektskap (evolusjon)|slektskap]]sforhold. Én mulig inndeling, som for tiden{{Når}} er nokså populær i lærebøker, er i fire «[[rike (biologi)|rike]]r», de tre flercellede gruppene [[dyr]], [[planter]] og [[sopp]] samt en overveiende encellet gruppe, [[protoktister]] («Protoctista»).

I denne inndelingen er den sistnevnte gruppen en håpløst{{Klargjør}} [[parafyletisk gruppe]], fordi mange protoktister er i nærmere slekt med enten dyr, planter eller sopp enn med andre protoktister. [[Flercellethet]] har oppstått flere ganger uavhengig i veldig ulike grupper av encellede organismer. Også blant protokistene finner man dessuten mange former for –&nbsp;og overganger til&nbsp;– flercellethet, fra enkle «celleklumper» via mer komplekse [[koloni (biologi)|koloni]]er med arbeidsdeling til meterstore [[thallus|thalli]].

Problemet med [[fylogenetikk|evolusjonær slektskapsrekonstruksjon]] mellom eukaryoter er at mange av de encellede organismene er forholdsvis enkelt bygd, slik at man har få egenskaper å rekonstruere slektskap med. [[Molekylærbiologi|Molekylære]] og [[genetikk|genetiske]] metoder har revolusjonert vårt syn på eukaryotenes slektskapsforhold, men har foreløpig ikke gitt oss full oversikt.

Noen av de tradisjonelle gruppene fikk støtte gjennom nye forskning (f.eks. [[foraminiferer]] og [[radiolarier]]). Ellers har bildet imidlertid endret seg fullstendig. På den ene siden har det vist seg at mange kjente grupper ikke var annet enn et svært [[Gruppe (biologi)#Naturlige og kunstige grupper|kunstig sammensurium]]. På den andre siden har man oppdaget nære slektskapsbånd mellom grupper man tidligere hadde ansett for å være nokså ulike. Eksempler på det førstnevnte, altså på grupper som ikke har fått støtte gjennom den evolusjonære slektskapsforskningen, er:
* amøber (delgruppene finnes igjen blant: Amoebozoa, Cercozoa og Opisthokonta),
* flagellater eller svøpedyr (delgruppene er fordelt over: Alveolata, gulbrune alger, Opisthokonta, og øyeflagellater),
* slimdyr (Amoebozoa, Cercozoa, gulbrune alger, Heterolobosea og Opisthokonta),
* slimsopp (Amoebozoa, Cercozoa, gulbrune alger og Heterolobosa),
* sporedyr (Alveolata og Opisthokonta).

Utvalgte eksempler på uventede slektskapsbånd er:
* [[Alveolata]] omfatter både [[fureflagellater]], [[flimmerdyr]] og [[sporedyr]].
* [[Amoebozoa]] inneholder mange amøber, men også [[slimsopper#Ekte slimsopper|ekte slimsopper]].
* [[Cercozoa]] inneholder [[parasittslimsopper]] samt noen flagellater og slimdyr.
* [[Gulbrune alger]] har vist seg å også romme diverse grupper som ikke ligner på [[alger]] i det hele tatt, som [[nettslimsopper]], [[oomyceter]], [[svelgflagellater]] samt noen soldyr.
* [[Heterolobosa]] inneholder [[celleslimsopper]] samt noen slimdyr.
* [[Opisthokonta]] inneholder både flercellede [[dyr]] og [[sopper]] og encellede [[algesopper]], [[krageflagellater]], [[Microsporidea|Micro-]] og [[Myxozoa|Myxosporidea]] samt noen slimdyr.
* [[Øyeflagellater]] inneholder [[øyealger]], [[øyendyr]] og de fleste [[svøpedyr]].