Redigerer Biologisk systematikk (avsnitt)

== Eksempler ==
Se de enkelte organismegrupper (f.eks. [[liv]], [[dyr]], [[leddyr]], [[virveldyr]], [[sopp]] osv.) for deres systematikk. Under illustreres systematikkens arbeidsmåte med to eksempler, krypdyr og blomsterplanter:

=== Krypdyr ===
Fylogenetikken (trinn 3) har avslørt de følgende slektskapsforholdene:
:( ( [[skjellkrypdyr]] &ndash; [[broøgler]] ) &ndash; ( [[krokodiller]] &ndash; [[fugler]] ) ) &ndash; [[skilpadder]]
Det vil si: Skjellkrypdyr og broøgler er hverandres nærmeste slektninger. Det samme gjelder for krokodiller og fugler. Skilpaddene er minst beslektet med de resterende gruppene.

Klassifikasjonen (trinn 4) droppes av fylogenetiske systematikere, dvs. at de kun opererer med de gruppene fylogenetikken har avslørt:
{{Tre}}
* skjellkrypdyr + broøgler + krokodiller + fugler + skilpadder
** skjellkrypdyr + broøgler + krokodiller + fugler
*** skjellkrypdyr + broøgler
**** skjellkrypdyr
**** broøgler
*** krokodiller + fugler
**** krokodiller
**** fugler
** skilpadder

Evolusjonære systematikere sammenfatter imidlertid skjellkrypdyr, broøgler, krokodiller og skilpadder til en gruppe på grunnlag av de biologiske likhetene (skjelldekket hud, kaldblodige, eggleggende). Denne gruppen er imidlertid kunstig fordi den ekskluderer de fjærdekkede og varmblodige fuglene, som er krokodillenes nærmeste slektning. Resultatet blir:
{{Tre}}
* skjellkrypdyr + broøgler + krokodiller + skilpadder
** skjellkrypdyr
** broøgler
** krokodiller
** skilpadder
* fugler

Nomenklaturen (trinn 5) har gitt gruppene de følgende vitenskapelige navnene:
{{Tre}}
* «Reptilia» = skjellkrypdyr + broøgler + krokodiller + skilpadder
** Sauropsida = skjellkrypdyr + broøgler + krokodiller + fugler + skilpadder
*** Diapsida = skjellkrypdyr + broøgler + krokodiller + fugler
**** Lepidosauria = skjellkrypdyr + broøgler
***** Squamata = skjellkrypdyr
****** ''Sphenodon'' = broøgler
**** Archosauria = krokodiller + fugler
***** Crocodylia = krokodiller
***** Aves = fugler
** Chelonia = skilpadder

Taksonomien (trinn 6) deler ut kategorier til gruppene. Den tradisjonelle løsningen har vært å kalle skjellkrypdyr, broøgler, krokodiller og skilpadder for «ordener»; og krypdyr og fugler for «klasser». Denne løsningen gir en ryddig oversikt, men man mister detaljene i oppbyggingen av slekstreet. Ifølge den fylogenetiske systematikken kunne man kalle Sauropsida «megaklasse», Diapsida «hyperklasse», Archosauria «overklasse», krokodiller og fugler «klasser», osv. De fleste tilhengerne av fylogenetisk systematikk ville imidlertid ha droppet disse kategoriene helt. Å droppe kategorier betyr bare at man omtaler f.eks. krokodiller og fugler som «krokodiller» og «fugler» i stedet for å omtale dem som «ordenen krokodiller» og «klassen fugler».

Fylogenikken blir vanskelig når man inkorporerer fossile grupper eller grupper som ikke så lett lar seg klassifisere. [[Pattedyrliknende krypdyr]] – [[pattedyr]]enes stamfedre hører muligens med blant gruppene i dette eksemplet. Deres slektsskapsforhold til skilpaddene og de øvrige reptilene er per i dag ikke klarlagt. I fylogenikken utelater man gjerne de pattedyrliknende krypdyrene (som over), i klassisk evolusjonær systematikk regnes de som en gruppe av krypdyr (all den tid de også var skjelldekkede, kaldblodige og la egg).

=== Blomsterplanter ===
Fylogenetikken (trinn 3) har avslørt de følgende slektskapsforholdene:{{Tvilsomt}}
:''[[Amborella trichopoda]]'' &ndash; ( [[nøkkerosefamilien]] &ndash; ( [[Austrobaileyales]] &ndash; ( [[egentlige tofrøbladete planter]] / [[enfrøbladete planter]] / [[magnoliaplanter]] / [[Chloranthaceae]] / [[hornblader]] ) ) )
Det vil si: Den enkelte arten ''Amborella trichopoda'' er [[søsterart]]en til alle de resterende blomsterplantene. Nøkkerosefamilien er så [[søstergruppe]]n til resten. Og innenfor denne resten er det Austrobaileyales som er søstergruppen til en slektskapsgruppe som består av egentlige tofrøbladete planter, enfrøbladete planter, magnoliaplanter, Chloranthaceae og hornblader. Slektskapsforholdene innenfor denne gruppen er fremdeles usikre.

Klassifikasjonen (trinn 4) droppes av fylogenetiske systematikere, dvs. at de kun opererer med de gruppene fylogenetikken har avslørt:
* ''Amborella trichopoda'' + nøkkerosefamilien + Austrobaileyales + egentlige tofrøbladete + enfrøbladete  + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader
** ''Amborella trichopoda''
** nøkkerosefamilien + Austrobaileyales + egentlige tofrøbladete + enfrøbladete  + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader
*** nøkkerosefamilien
*** Austrobaileyales + egentlige tofrøbladete + enfrøbladete  + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader
**** Austrobaileyales
**** egentlige tofrøbladete + enfrøbladete  + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader
Evolusjonære systematikere sammenfatter imidlertid ''Amborella trichopoda'', nøkkerosefamilien, Austrobaileyales, egentlige tofrøbladete, magnoliaplanter, Chloranthaceae og hornblader til en ny gruppe. Denne nye gruppen er kunstig fordi den ekskluderer de enfrøbladete plantene, selv om disse er nærmere beslektet med f.eks. hornblader enn hornblader er med nøkkeroser.

Resultatet blir:
* ''Amborella trichopoda'' + nøkkerosefamilien + Austrobaileyales + egentlige tofrøbladete + enfrøbladete  + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader
** enfrøbladete planter
** ''Amborella trichopoda'' + nøkkerosefamilien + Austrobaileyales + egentlige tofrøbladete + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader

Nomenklaturen (trinn 5) har gitt gruppene de følgende vitenskapelige navnene:
* Magnoliophytina = ''Amborella trichopoda'' + nøkkerosefamilien + Austrobaileyales + egentlige tofrøbladete + enfrøbladete  + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader
* Nymphaeaceae = nøkkerosefamilien
* Euangiospermae = egentlige tofrøbladete + enfrøbladete  + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader
* Eudicotyledoneae = Austrobaileyales + egentlige tofrøbladete + enfrøbladete  + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader
* «Magnoliopsida» = ''Amborella trichopoda'' + nøkkerosefamilien + Austrobaileyales + egentlige tofrøbladete + magnoliaplanter + Chloranthaceae + hornblader

Taksonomien (trinn 6) deler ut kategorier til gruppene.
Den tradisjonelle løsningen har vært å kalle nøkkerosefamilien for en «familie», Austrobaileyales for en «orden», enfrøbladete for en «underklasse» osv. Dette er vanskelig å forene med den fylogenetiske systematikken. Hvis enfrøbladete skal være en «underklasse», måtte dette også gjelde for bl.a. Chloranthaceae og nøkkerosefamilien! De fleste tilhengerne av fylogenetisk systematikk ville derfor ha droppet disse kategoriene helt. Å droppe kategorier betyr bare at man omtaler f.eks. enfrøbladete som «enfrøbladete» i stedet for «underklassen enfrøbladete».