Redigerer Reinhard Heydrich (avsnitt)

==== Konflikt med Wehrmacht ====
Mange toppsjefer i den regulære tyske hæren var rasende over SS’ voldsbruk og vurderte [[krigsrett]] mot Udo von Woyrsch. Wehrmacht-kommandanter på lavere nivå samarbeidet ofte med SS og blant annet ved å overlevere fanger til SS for henrettelse.{{Sfn|Gerwarth|2011|p=143}} 

Heydrich oppmuntret til henrettelse av mistenkte polakker og jøder, og samtidig var han opprørt over uryddige aksjoner og plyndring utført av blant andre [[Volksdeutscher Selbstschutz]] og etterforsket SS-folk involvert i slikt. Heydrich anså plyndring (også av jødisk eiendom) som et simpelt og uverdig motiv (mens drap på politiske fiender ikke var det); dessuten skulle jødisk eiendom tilfalle den tyske stat.{{Sfn|Gerwarth|2011|p=144}}

Høsten 1939 var det stadig tautrekking mellom SS og hæren om myndighetsforhold. Heydrich var frustrert over hærens manglende forståelse for sikkerhetstiltak i regi av SS bak fronten og han mente at Wehrmachts militære domstoler ikke var ivrig nok med ilegging av dødsstraff. I september 1939 klaget han over at 200 henrettelser daglig var for lite.{{Sfn|Gerwarth|2011|p=145}} I forbindelse med sin kritikk av militærdomstolene konkluderte Heydrich: Vi vil spare småfolkene, men aristokratiet, prester og jødene må drepes.<ref name="Matthaus2014" />{{rp|18}}

Admiral [[Wilhelm Canaris]], sjef for [[Abwehr]], var forskrekket over Heydrichs holdning og rapporterte ham til general [[Franz Halder]]. Halder mente at massehenrettelsene som Heydrich ledet var så ille at hæren burde gripe inn, samtidig noterte Halder at Hitler og Göring ønsket å ødelegge det polske folk. Canaris advarte [[Wilhelm Keitel]], den tyske øverstkommanderende, om at resten av verden ville holde Wehrmacht ansvarlig for overgrepene og Keitel svarte da at saken var avgjort av Hitler og at han (Keitel) overlot dette til SS.{{Sfn|Gerwarth|2011|p=145}} Wehrmacht-sjefene skal ikke ha blitt informert om Heydrichs utvidete virksomhet, men aksepterte Himmlers innblanding fordi han ble støttet av Hitler og fordi det bidro til å pasifisere det okkuperte området.<ref name="Matthaus2014" />{{rp|20}}

I forbindelse med massakren i Bromberg fikk Wehrmacht klar ordre om å ikke hindre Einsatzgruppenes arbeid: General [[Adolf Strauss]] klaget da til overkommandoen over at ansvarsforholdene på denne måten ble snudd opp ned. [[Walther von Brauchitsch]], hærens øverstkommanderende, minnet 18. september 1939 hærens kommandanter på at Wehrmacht var eneveldig i de okkuperte områdene og at forsøk på innblanding i militærdomstolene fra partiorganer (det vil si SS) skulle ignoreres. Himmler ga samme dag ordre til sikkerhetspolitet om at polske partisaner skulle henrettes.{{Sfn|Gerwarth|2011|p=146}} Under møte med Hitler, Heydrich og Himmler ble Brauchitsch presset til å la Einsatzgruppene drive sin virksomhet. I slutten av september var det stadig tautrekking om ansvarsområder og hva hærens kommandanter skulle informeres om.{{Sfn|Gerwarth|2011|p=147}}

General [[Johannes Blaskowitz]] fordømte i november Einsatzgruppenes virksomhet som kriminelle overgrep og uttrykk for SS’ primitive og sykelige instinkter. Hitler ble rasende over Blaskowitz’ rapport og avfeide Wehrmacht som patetisk sentimentale; Hitler ga derpå [[amnesti]] for alle overgrep i Polen og fratok Wehrmachts militær domstoler jurisdiksjon over SS.{{Sfn|Gerwarth|2011|p=148}}