Redigerer DNA-sekvensering (avsnitt)

==Metoder==

De første metodene for DNA-sekvensering ble utviklet på midten av 1970-tallet. Maxam og Gilbert publiserte en metode som er basert på basespesifikk kjemisk spaltning, men denne metoden brukes nesten ikke lenger, fordi den trenger farlige kjemiske reagenser. Dessuten er den vanskeligere å automatisere enn [[Frederick Sanger|Sanger]] metoden som ble publisert det samme året.

I dag er det flere [[biokjemi]]ske og [[bioteknologi]]ske metoder som er beskrevet nedenfor. 

===Sanger Sekvensering===

Dideoxymetoden til Sanger er en såkalt [[enzym]]atisk sekvenseringsmetode som ble utviklet av Frederick Sanger og Alan Coulson omkring 1975. Med den første fullstendige genom sekvenseringen av [[bakteriofag]]en phi X 174 i 1977 ble metoden publisert<ref>{{cite journal |author=Sanger F, Air GM, Barrell BG, Brown NL, Coulson AR, Fiddes CA, Hutchison CA, Slocombe PM, Smith M|title=Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA|journal=''Nature''|volume=265 (5596) |pages=687-695|year=1977 }}</ref>, og Sanger mottok [[Nobelprisen]] i kjemi sammen med Walter Gilbert i 1980.

=== Pyrosekvensering («Sequencing-by-Synthesis»)===

[[Pyrosekvensering]] bruker DNA-polymerase for syntesen av DNA-tråden. Forskjellen fra Sanger metoden er at man kan se at DNA-polymerasen henger på enkelt nukleotider på en nysyntetisert DNA-tråd. Dette blir omformet til en lysblits ved hjelp av enzymer.<ref name=Margulies>{{cite journal |author=Margulies M, Egholm M, Altman WE, ''et al'' |title=Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors |url=https://archive.org/details/sim_nature-uk_2005-09-15_437_7057/page/n102 |journal=''Nature'' |volume=437 |issue=7057 |pages=376–80 |year=2005 |month=september |pmid=16056220 |pmc=1464427 |doi=10.1038/nature03959 }}</ref> Lysblitsene kan registreres, og hvert par av lysintensitet og nukleotid gir en eller flere sammenhengende nukleotider av samme type der lengden er proporsjonal til lysintensiteten (et såkalt "homopolymer run", f.eks. AAA for lysintensitet på 3 og nukleotid A).

=== Utfordringer ===

Det egentlige problemet er ikke å bare lese sekvensen: På grunn av tekniske restriksjoner blir [[DNA]]et sekvensert i tusener av små enheter (engelsk: reads) og må settes sammen (engelsk: assemble) til en hel sekvens med [[bioinformatikk|bioinformatiske]] metoder fra [[sekvenssammenstilling]]en. Disse bitene (''reads'') er mindre enn 1000 bp ([[basepar]]). Et vanlig problem er store datamengder, som krever mye datakraft.

Pyrosekvenseringen blir mer og mer et alternativ til Sanger sekvensering. Read lengdene ligger på omtrent 400-500 basepar i den nyeste sekvenseringsgenerasjonen, "GS FLX Titanium", som ble publisert i 2008. Kvalitet av sekvenseringsdataene har blitt bedre i de siste årene, den er ofte målt i andel av feil nukleotider. 

Hvilken teknologi man velger for et sekvenseringsprosjekt er ofte avhengig av problemstillingen (de-novo sekvensering [sekvensering av noe nytt], resekvensering av et kjent genom, metagenomiske anvendelser osv.), størrelsen av genomet eller delen av genomet som skal bli sekvensert, tids- og pengeressurser, leselengden som trenges for anvendelsen osv.